O método difere dependendo das configurações do seu PC e da placa gráfica. Para AMD, por exemplo, você pode ajustar diferentes resoluções do Catalyst Center. Para o Ubuntu, você pode usar comandos do console para acessar as configurações da nVidia. Confira um tópico no fórum para esta pergunta aqui:
Para as versões herdadas do Windows, há um tópico que lida com a mesma pergunta que vale a pena conferir aqui:
Você também pode usar software de terceiros para configurar a resolução como:
E aqui está uma boa lista de programas que permitem personalizar desktops virtuais: