Não, a transferência via USB usando o próprio MTP não compacta as imagens ou outros arquivos.
É claro que a implementação do MTP em seu telefone pode fazer isso, ou o software que você usa para receber os arquivos em seu computador - mas isso é improvável, a menos que você o habilite explicitamente em algum lugar.
Deve haver outro motivo para as imagens parecerem mais pixeladas no computador. Talvez as imagens sejam exibidas de forma diferente por algum motivo?