Isso pode indicar que sua unidade está indo mal. Se o firmware em sua unidade estiver recuperando ou realocando setores, isso soaria como atividade normal, mas não apareceria em nenhum monitor de atividade (já que a unidade faz isso sem envolver a CPU ou a memória do seu computador).
Eu usaria um utilitário que possa verificar o status SMART no disco rígido. Se isso indicar erros de leitura, existe o seu problema.
Outra maneira de verificar isso seria desligar o computador, desconectar o cabo de dados da unidade (para que ele tenha energia) e, em seguida, ligar o computador novamente. O disco rígido girará, mas o computador (obviamente) não inicializará. Se você ainda ouve o que está sendo acessado, então isso é definitivamente o que está acontecendo.