A criptografia é quando você embaralha os dados. Nesse caso, seus dados estão incompletos. Os dados nas partes que eles têm são acessíveis para eles.
Em vez de usar o HJsplit, você sempre pode criar arquivos divididos criptografados. Por exemplo, o 7-zip permite criar um arquivo de 7z com criptografia AES de 256 bits e dividi-lo em vários blocos.