Na seção ServerLayout
do seu xorg.conf
você deve adicionar algo assim:
Section "ServerLayout"
Option "Xinerama" "on"
Option "Clone" "off"
EndSection
Isso deve ser suficiente para garantir que o xinerama funcione corretamente. Se você ainda não tem, adicione algo assim:
Section "ServerLayout"
Screen 0 "first-screen"
Screen 1 "second-screen" RightOf "first-screen"
EndSection