Clique com o botão direito do mouse no título do grupo e clique em "Remover".
Eu criei um novo grupo no Empathy IM clicando com o botão direito do mouse em um contato e depois em Editar e adicionar grupo.
Como faço para remover um grupo?
ATUALIZAÇÃO:
OK, obviamente a resposta de Murat Gunes está correta, mas não é exatamente isso que eu quis dizer. Quando clico com o botão direito do mouse no nome do grupo e selecione Remover, o grupo é removido da janela principal.
No entanto, o grupo não é removido do sistema. Quando clico com o botão direito do mouse em um contato novamente e seleciono Editar, ainda consigo ver o grupo na lista e posso até colocar um contato nesse grupo, o que faz com que apareça novamente na janela principal.
Clique com o botão direito do mouse no título do grupo e clique em "Remover".
Pode ser necessário removê-los para o Windows Live (possivelmente do cliente Web ou do próprio cliente do Windows) para que eles permaneçam permanentemente ...
Faça o que Murat disser e, em seguida, reinicie o Empathy (não apenas feche a janela, mas realmente saia e inicie o Empathy novamente).