Eu não acho que o HandbrakeCLI permite copiar o fluxo de vídeo. A documentação menciona apenas uma opção para copiar áudio. Assim, seu comando recodificará o vídeo e o áudio ao mesmo tempo, o que explica por que demora tanto para ser concluído.
Você poderia, claro, usar outra ferramenta. Com o ffmpeg , alterar o áudio para MP3 ou AAC, mantendo o fluxo de vídeo intacto, é muito simples:
ffmpeg -i input.avi -c:a libmp3lame -qscale:a 2 -c:v copy output.avi
ffmpeg -i input.mp4 -c:a aac -strict experimental -b:a 192k -c:v copy output.mp4
Mas isso pressupõe que seu original não tenha áudio MP3 ou AAC, o que acho muito improvável. (O que mais seria diferente de áudio PCM bruto?) De qualquer forma, esses comandos forçará MP3 ou AAC.
Para definir a qualidade ou escolher outros codificadores, leia o guia de MP3 e o Guia AAC .