O PGP / MIME gera uma mensagem MIME de várias partes com uma parte de texto simples, uma parte HTML e uma parte de assinatura digital. Você pode verificar usando "Exibir - > Origem da mensagem" e procurando os separadores MIME. (Veja abaixo.)
No Thunderbird, com a mensagem aberta, clique em "Visualizar - > Corpo da mensagem como" e selecione "HTML original". Parece que o Thunderbird assina digitalmente a parte de texto sem formatação da mensagem e exibe isso por padrão
Apenas no caso de "separadores MIME" não fazer sentido, você está procurando algo como isto:
--------------080906000108090307010501--
--1q66lbherk2Rpaa3MLxXVJ9NM8q4ix8Gs
Content-Type: application/pgp-signature; name="signature.asc"
Content-Description: OpenPGP digital signature
Content-Disposition: attachment; filename="signature.asc"
-----BEGIN PGP SIGNATURE-----
Version: GnuPG v2.0.22 (MingW32)