Em vez de criar um arquivo para sinalização, você pode adicionar os diretórios que deseja espelhar em vez de arquivá-los em um arquivo de texto e, em seguida, executar 2 rsync-runs. A execução de espelhamento com este arquivo como include-list, o archive-run com este arquivo como exclude-list.
rsync [your options for mirroring] --include-from=/path/to/dirlist [source] [target]
rsync [your options for archiving] --exclude-from=/path/to/dirlist [source] [target]