Basicamente, é um problema com o wpa_supplicant: o padrão /etc/wpa_supplicant.conf é basicamente tudo sobre documentação, não é um arquivo de configuração válido. A seguir, um exemplo simples de um arquivo válido:
ctrl_interface=/var/run/wpa_supplicant
ap_scan=1
fast_reauth=0
network={
ssid="WifiNetworkName"
key_mgmt=WPA-PSK
psk="WifiNetworkPassword"
priority=5
}
Você pode querer manter a versão antiga (apenas renomeie-a para /etc/wpa_supplicant_old.conf, por exemplo) porque ela contém muitos exemplos úteis.
Alternativamente, você pode tornar sua vida muito mais simples instalando um gerenciador de rede: existem muitos, netctl, wicd, pessoalmente eu prefiro o NetworkManager. Você pode encontrar no Wiki todas as instruções que você precisa. Apenas lembre-se de desabilitar qualquer outro serviço que tente gerenciar suas conexões para você, você pode listar todos os serviços habilitados com o comando
sudo systemctl --type=service