O recém-lançado (proprietário) 10.7 Catalyst drivers da ATI suportam especificamente o Eyefinity no Ubuntu 10.04 (Lucid).
Os drivers proprietários NVidia também suportam vários monitores muito bem, permitindo posicioná-los em relação um ao outro.
Em teoria, o Monitor Preferences também suporta a configuração de múltiplos monitores desta forma, mas os relatórios nos fóruns do Ubuntu são mistos e eu não tenho como testar isso pessoalmente.