Primeiro, existem diferentes métodos para armazenar sistemas de arquivos em um dispositivo de armazenamento; um dispositivo pode ser formatado sem tabela de partições ou pode ter uma tabela de partições MBR ou GPT. O MBR não suporta dispositivos maiores que 2 TB. O conto é que o Windows só suporta GPT para unidades grandes em SATA e não suporta GPT para armazenamento em massa USB.
Eu vou sair em um membro aqui, mas eu vi o Windows tratar discos USB diferentes dos discos internos. Em termos mais técnicos, não reconheceria discos USB com GPT e não reconheceria discos internos sem uma tabela de partições. Meu palpite é que o Windows formata seus discos USB > 2TB sem uma tabela de partição e, em seguida, não o reconhece via SATA porque não possui uma tabela de partição.
A má notícia aqui é que não tenho uma solução direta para você; Você sempre pode tentar ler o disco com o Linux, que não trata discos USB ou SATA de maneira diferente. Mas é provavelmente o mais fácil para você se você fizer o backup da unidade, formatá-lo enquanto estiver conectado da maneira que você pretende usá-lo e restaurar os dados.
Como alternativa, você pode usar o Linux para formatar a unidade com uma tabela de partição MBR, que o Windows suporta em USB e SATA, mas isso limitará seu sistema de arquivos a 2 TB de tamanho. Talvez você também possa fazer isso no Windows, não tenho uma unidade grande disponível para teste no momento.