Eu não posso responder com 100% de certeza, mas você não deve perder nenhum dado. Na pior das hipóteses, a mudança de RAID para AHCI faria com que a unidade não pudesse ser lida. Se isso acontecesse, você poderia trocá-lo e tudo deveria ser copético. No entanto, isso não é provável que seja o caso. O controlador deve apenas pegar o disco como uma única unidade e não perder acesso ou dados.
Como sempre, ao realizar alterações potencialmente prejudiciais, faça um backup.