In the master template I've placed a vector image of our company logo on the slide as a .png image file.
Então não é uma imagem vetorial. Por que não inserir uma imagem vetorial?
What compression settings do I need to watch out for?
O PowerPoint compacta imagens por padrão. Antes de adicionar imagens a qualquer apresentação, primeiro vá para Opções | Avançado e marque a opção "Não compactar imagens ..." em Tamanho e qualidade da imagem. Isso só precisa ser feito uma vez por apresentação, mas deve ser feito para cada nova apresentação.
Você também vai querer rolar para baixo até Imprimir na mesma caixa de diálogo e marcar a opção Alta qualidade e Imprimir objetos inseridos ... resolução da impressora.
Does it need to be exported as pdf to get best results or can it be printed straight from Powerpoint?
Se quem está fazendo a impressão sabe imprimir corretamente a partir do PPT, então seria melhor do que interpor mais uma aplicação.