Atualizar . Essa foi a mudança da realização da tela clara do cygwin. O ConEmu bloqueou algumas atividades com o buffer de tela do console. Corrigido na construção 140416 .
O resto da resposta deixada para a história, porque ainda pode ser real para outros problemas do cugwin.
Para garantir que o problema do cygwin seja executado - a partir do Win + R (não do mintty), o seu shell
C:\cygwin\bin\bash.exe --login -i
E tente sua ação ( Ctrl L ). Se for reproduzido no console padrão - relate bugs à equipe do cygwin.