Eu não fiz exatamente o que você está tentando fazer, e não tenho certeza do que acontecerá quando você selecionar a opção 'Criptografar minha pasta pessoal', mas eu tenho alguns conselhos quando você executar a instalação.
Eu mantenho todo o meu sistema em uma única partição, e na época eu tinha um diretório pessoal criptografado. Eu reinstalei meu sistema de acordo com a minha resposta para essa pergunta , e quando entrei no meu novo sistema, descobri que não consegui acessar meu diretório pessoal. Mais tarde, percebi que era porque quando eu estava passando pelo processo de instalação no Ubiquity, especifiquei um nome de usuário, senha ou nome de host diferente (não me lembro qual) e o mecanismo de criptografia embutido no Ubuntu usa esses três parâmetros como credenciais de autorização. descriptografia de partição quando você logar, então você vai querer garantir que você mantenha os três iguais.