Primeiro, você cria uma imagem de VHD de ~ 100 GB + e, em seguida, monta-a e copia os arquivos de dados para ela. Um VHD vazio deve ocupar relativamente pouco o espaço em disco do IIRC, mas você precisa ter certeza de que ele não está sendo pré-alocado, se é isso que você quer. Por que você quer armazená-los em um VHD de qualquer maneira? Não vendo o uso prático eu mesmo que isso não significa que não há um.
Olink pode ser usado para criar o arquivo a partir de partições selecionadas, desde que você tenha todos os seus dados em uma partição. ou seja, se você tiver apenas uma partição, significa que o SO também está lá e você não deseja clonar isso.