No passado, neste cenário, eu quebrei a importação / atualização em várias etapas
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Anexe os dados em uma tabela "temp" vazia
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Crie / execute uma consulta de atualização, unindo as tabelas de destino e de origem / temporária
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Criar / executar uma consulta de acréscimo, tabelas de origem / temporária de destino e de origem ingressando à esquerda (com chave de destino = nulo)
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(opcional) anexe a tabela temporária a uma tabela de histórico
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Truncar a tabela temporária
Os passos podem ser facilmente automatizados com macros.