Você pode esperar que o hardware de servidor dedicado seja muito mais confiável do que uma torre de baixo custo que provavelmente terá hardware de nível de consumidor interno. Além disso, a maioria das pessoas que compram torres não são tão propensas a se preocupar com o ruído e podem ser tão barulhentas quanto um servidor.
Realmente, a única maneira de controlar o ruído em qualquer grau seria construir sua própria máquina. Dessa forma, você pode comprar exatamente os componentes desejados e aplicar o máximo de atenuação de som que desejar.
Uma consideração adicional para o som é o tipo de piso ou prateleira em que está. Minha antiga torre é bastante tranquila para executar graças a mim substituindo vários fãs ao longo dos anos, mas é no sótão em um andar que parece funcionar como uma caixa de ressonância! Então, se está processando qualquer coisa durante a noite, o zumbido é perceptível nos quartos abaixo.
A outra coisa em que pensar é o custo. O PC que você está considerando é bastante carnudo e provavelmente custará um pouco de eletricidade para continuar funcionando (e é por isso que eu mudei de usar minha torre como um servidor para usar um NAS dedicado). É mais provável que você consiga um servidor do que uma torre que consome menos energia.