Todos os programas são diferentes. Tente encontrar programas de instalação "portáteis"; eles geralmente são executados a partir de uma única pasta e podem ser salvos no backup da maneira que você descreve.
Os programas do Windows provavelmente adicionarão / modificarão o registro e a falha em casar os backups de arquivos com o registro provavelmente causará problemas ao restaurar / copiar para outro computador a partir do backup.
Os programas Linux podem atualizar /etc
arquivos e pastas, mas são mais (em alguns casos) resistentes ao problema, ou pelo menos oferecem detalhes sobre como fazer o backup.