Acho que a melhor maneira de fazer isso é:
1) Crie backup do seu D-drive (ele só funcionará se ele realmente possuir puramente seus dados e não tiver nenhum aplicativo instalado)
2) Tire uma imagem com Acronis da unidade C
3) transfira a imagem para o drive D
4) Restaure os dados do backup (unidade D) para uma pasta ou pastas na nova unidade C
Eu já fiz isso algumas vezes e funcionou bem