Você pode precisar usar
dd if=/dev/zero of=/dev/sdc
onde sdc é toda a unidade que você deseja zerar.
Verifique se você tem certeza de que está zerando a unidade certa.
sdc é o terceiro disco inteiro
sdc2 é a segunda partição na terceira unidade (contém o setor de inicialização, se estiver lá).
O Cygwin usa a terminologia * nix padrão para unidades locais.
Você pode querer usar pv
(visualizador de canais, está disponível no Cygwin) para ver o progresso:
pv /dev/zero > /dev/sdc