As duas ferramentas só têm uma definição diferente do que significa para a memória ser "usada". O comando free
considera a memória usada se não estiver livre. O System Info considera livre de memória, mesmo que contenha informações que possam ser usadas, desde que essas informações também possam ser descartadas. Assim, por exemplo, a memória que contém informações que também podem ser lidas a partir do disco é considerada usada pelo comando free mas livre pelo System Info.
O sistema usará o máximo de memória possível para melhorar o desempenho. Manter a memória livre é o último recurso do sistema, se não houver uma maneira prática de conter informações úteis.