Você pode usar a opção explorer.exe /seperate , embora sempre seja o padrão dos seus Meus documentos.
Como você pode ver abaixo, executei o comando explorer.exe /seperate duas vezes e, portanto, tenho três processos explorer.exe.
Win7 Win64. Eu configurei o Windows Explorer em Ferramentas > Opções de pasta > Ver > Inicie as janelas da pasta em um processo separado. É verificado, para ter certeza de que reiniciei o Windows e ainda estava marcado.
Ainda assim, se eu abrir muitas janelas do Windows Explorer, ainda haverá apenas 2 explorer.exe em execução. Eu até tentei executar diretamente o explorer.exe e não funcionou. Acredito que essa opção faz com que o WinExplorer e o Desktop executem cada um em seu próprio processo.
Mas eu quero que cada janela tenha seu próprio processo, para que, se necessário, eu possa matar um processo sem perder outros. Não precisa ser sempre, seria perfeito se o explorer.exe tivesse um parâmetro para abrir um novo processo em vez de abrir uma janela dentro da existente.