Você pode usar um desmontador para converter o código binário compilado de volta para a linguagem assembly. Isso permitiria que você "lesse" (com dificuldade) o software distribuído apenas em binário.
Para a outra parte da sua pergunta, você parece querer algum tipo de decompiler de hardware que forneça informações mais detalhadas sobre como a cpu executa uma instrução binária específica. Não conheço nenhuma ferramenta para fazer isso. Você provavelmente terá que ler os manuais de hardware e fazer esse tipo de análise em sua cabeça.