Quando uma unidade é formatada (tomando NTFS como exemplo), uma nova MFT e MFT de espelho são gravadas no disco. Isso substitui, pelo menos parcialmente, as MFTs existentes. A falta de formatação não é tão simples quanto redefinir algumas flags.
O Windows grava e lê de volta cada setor em um volume em um formato padrão para testar blocos defeituosos ( referência , < href="http://www.makeuseof.com/tag/difference-windows-full-format-quick-format-technology-explained/"> referência ). Isso elimina todos os dados na unidade. O Windows pula esta etapa para um formato rápido.
O que precisa ser feito é varrer o volume inteiro para coisas que se parecem com arquivos e reconstruir a MFT manualmente. Eu não sei de uma ferramenta que especificamente faz isso, ferramentas que eu usei como testdisk irá ajudá-lo a copiar os arquivos mas não restaurá-lo para o status inicializável (exceto se for apenas uma partição / substituição ou erro do MBR, que é mais fácil de restaurar).