Se você fizer o download do Eclipse diretamente do site, obterá uma instalação de arquivamento Java independente. Você pode extraí-lo e soltá-lo em sua pasta pessoal, se quiser. Então você apenas clica no executável do eclipse para iniciá-lo. Às vezes, tenho várias versões para tarefas diferentes (carregar uma única cópia com plugins pode atrasá-la) no meu diretório inicial.
Esteja ciente de que, a menos que você o coloque em um local onde o executável esteja em seu caminho, você não poderá executá-lo apenas digitando
eclipse
Pode ser considerado mais apropriado distribuí-lo pelo seu sistema (por exemplo, o executável eclipse real iria no diretório / bin ou similar e outros arquivos iriam para outro lugar), mas isso exigiria alguma configuração extra em sua extremidade e eu Não tenho certeza qual seria o modo padrão de fazê-lo. Isso é mais preocupante se você estiver empacotando ou compartilhando o sistema com um grande número de pessoas.
Além disso, observe que você não receberá automaticamente os requisitos instalados dessa maneira. Felizmente, acredito que os únicos requisitos seriam um ambiente gráfico e java (provavelmente o openjdk está em seus repositórios).
EDIT: Sobre o assunto de uma instalação "limpa", isso é muito fácil de remover - você simplesmente exclui o diretório original extraído e - se você quer que a configuração vá para - o diretório .eclipse em sua casa e o .metadata diretórios em qualquer espaço de trabalho. Excluir esses não é obrigatório, é claro.