Desde que você declarou que acabou de atualizar para o Mavericks ... esse é o culpado. Fazer uma atualização do SO (ou reinstalar o OS X) sobrescreverá os diretórios do sistema, /bin sendo um desses.
Se você não quiser que seus links sejam alterados, é melhor colocá-los em algum lugar em que o SO não seja sobrescrito, como /usr/local/bin . Você precisa adicionar esse diretório ao seu PATH .