Como no Debian, podemos usar o apt-pinning para controle de versão e instalação no Ubuntu também.
Para bloquear a instalação de um determinado pacote, podemos colocar as seguintes linhas em /etc/apt/preferences
Package: <nameofpackage>
Pin: origin ""
Pin-Priority: -1
Ao dar uma prioridade negativa para este pino, bloquearemos a instalação de <nameofpackage> de qualquer origem. É claro que também podemos usar o apt-pinning para fixar uma certa versão ou origem do pacote.
Antes de prosseguir, é altamente recomendável ler a documentação fornecida acima e a manpage de apt_preferences porque os erros nesses arquivos não são verificados pelo apt e, se ocorrerem, podem quebrar o gerenciamento de pacotes.