Há pouca diferença. Para testar isso eu criei um novo diretório com um arquivo "bug3.odt".
Eu então criei dois links para ele usando a linha de comando
ln -s bug3.odt bug_ln e ln -s /home/warren/qaz/bug3.odt bug_ln2 finalmente entraram no nautilus e criaram um link clicando com o botão direito no arquivo e selecionando "Make Link".
O resultado foi o seguinte
warren@dell:~/qaz$ ls -la
total 36
drwxrwxr-x 2 warren warren 4096 Feb 18 20:14 .
drwxr-xr-x 69 warren warren 12288 Feb 18 20:11 ..
-rw-rw-r-- 1 warren warren 18505 Nov 12 20:11 bug3.odt
lrwxrwxrwx 1 warren warren 8 Feb 18 20:12 bug_ln -> bug3.odt
lrwxrwxrwx 1 warren warren 25 Feb 18 20:14 bug_ln2 -> /home/warren/qaz/bug3.odt
lrwxrwxrwx 1 warren warren 25 Feb 18 20:13 Link to bug3.odt -> /home/warren/qaz/bug3.odt
Como você pode ver, bug_ln2 e Link to bug3.odt têm o mesmo proprietário, grupo, permissões e link para o mesmo local. Clicar com o botão direito no nautilus é equivalente a usar ln -s com o caminho completo para o arquivo.
Também é possível criar um link pressionando CTRL + SHIFT e arrastando o arquivo. Isso funciona exatamente da mesma maneira: equivalente ao uso de ln -s com o caminho completo para o arquivo.