Assim como o Windows, tudo no Wine é configurado através do registro. Cada acesso winecfg de configurações individuais também pode ser acessado por meio do registro usando o utilitário regedit , que também pode ser usado na linha de comando para importar um arquivo .reg grande ou definir chaves individuais na própria linha de comando.
Todas as chaves usadas estão na página da wiki Useful Registry Keys .
A opção mais fácil no seu caso seria exportar a configuração em um arquivo .reg (clique com o botão direito do mouse nas chaves que você precisa, exportar) e depois importar com wine regedit MyConfig.reg em seu script de configuração automática. Você pode escrever o .reg manualmente também, se quiser, é apenas um arquivo de texto no estilo .ini.
Editar: queria adicionar isso como um comentário, pois ele não responde à pergunta em si, mas sugere outra maneira de fazê-lo, mas não tenho reputação aqui: recomendo apenas criar uma cópia completa de sua pré-instalação limpa prefixo e apenas copiá-lo de volta quando você precisar redefinir. Você evitará o script inteiro para reconfigurar um prefixo limpo e também será muito mais rápido do que reinstalar bibliotecas através de winetricks e executar o regedit como toda uma operação somente de disco.