As camadas do Photoshop não são suportadas pelo PNG. Quando você salva como PNG, suas camadas são niveladas, impedindo que você as edite no futuro.
Se você estiver trabalhando com camadas e simplesmente tentando SALVAR, o Photoshop está tentando evitar que você perca suas camadas ao salvar como PNG, forçando-o a escolher um formato a cada vez.
A melhor solução seria salvar uma cópia "mestre" do seu documento como um PSD, fazendo as alterações necessárias. Depois de concluído, faça uma última gravação do PSD "principal" e, dependendo de como você planeja usar o PNG, faça um "Salvar para Web e dispositivos" ou simplesmente um "Salvar como ..." um PNG.
Se você decidir fazer alterações no futuro, abra o PSD para fazer as alterações e salve-o novamente como PNG.
Se você planeja usar o PNG em sites ou aplicativos, é melhor usar "Salvar para Web e dispositivos", pois você terá mais controle sobre o tamanho final do arquivo, oferecendo a melhor imagem de qualidade com o menor tamanho do arquivo.