imagemagick é um utilitário de linha de comando de código aberto (gratuito) que permite converter imagens:
Veja um tutorial sobre GIFs: link
O comando que você está procurando é "converter"
convert -delay 20 -loop 0 sphere*.gif animatespheres.gif
( -delay
está em ms, -loop
é opcional)
This will take all of the source frames and will make them into one animated GIF image called animatespheres.gif. The -delay 20 argument will cause a 20 hundredths of a second delay between each frame, and the -loop 0 will cause the gif to loop over and over again.