the case has a small metal stand-like thing in it, and though it needs a couple for screws one is sticking out where there will not be a screw,but unfortunately I can't seem to get it out of the case.I think it's made of copper because of the color. will this cause the motherboard to short out?
Sim, você deve (tem que) remover quaisquer impasses (latão no seu caso) que não correspondam aos orifícios de montagem do MB. É muito provável que você experimente um problema nesse cenário. não precisa ser um problema fatal, mas pode impedir que o seu MB funcione corretamente no melhor dos casos. A maioria das placas-mãe geralmente tem elementos SMD montados na área do chipset na parte traseira do MB, então o impasse pode causar o dano físico também, se colocar pressão sobre eles.
another thing, is that the PCIe ports inexplicably don't line up with the back. will they still be usable or do I need to buy another case?
Já tentou montar o seu VGA? Eu não acho que você terá o problema. Nunca tive tal problema e montei milhares até hoje. O slot deve ser deslocado e a linha intermediária do slot deve ficar aproximadamente alinhada com a borda superior da abertura do painel traseiro do slot PCIe.
my last question, is whether I need to buy thermal paste and how much of it I need. I am installing A8-6600k.
Independentemente do tipo de CPU, você DEVE usar graxa térmica. Você precisa muito pouco, então se você pode pegar emprestado de alguém, não compre. Mesmo a menor seringa (~ 3 gramas) é suficiente para 5 a 10 CPUs grandes
Edit: @blubberdiblub - Sua parte sobre o NOVO CPU com um cooler padrão está perfeitamente correta