As configurações são armazenadas em
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\AppCompatFlags\Layers
As chaves são o caminho completo e o nome do arquivo do executável. Os valores são opções de texto separadas por espaços. Para a opção que você deseja, é DISABLETHEMES
Observe que as configurações geralmente ficam todas em cinza porque o programa é de 64 bits e nenhuma dessas configurações de compatibilidade é necessária.