fuse-zip é um projeto que permite a montagem de arquivos .zip via FUSE ( entrada da Wikipedia do FUSE , pode ser melhor primeiro introdução).
Este tópico da lista de discussão e esta pergunta SO tem algumas dicas para fazer o FUSE rodar no Cygwin, parece.
Mas não, eu não diria que seja uma funcionalidade nativa no Cygwin. Se você quiser apenas navegar pelo arquivo e extrair arquivos únicos, existem maneiras mais fáceis de usar através de qualquer programa normal de manipulador de arquivos.