Para corresponder aos últimos 40 caracteres de uma linha, você usaria o regex:
.{40}$
Isso significa: "Combine qualquer caractere 40 vezes seguidos pelo final da linha".
Se você estiver interessado em substituir a linha inteira, use o regex
^(.*)(.{46})$
e um texto de substituição de
first part: second part:
mudaria o texto do seu exemplo para
first part:userPassword: second part:{SSHA}hLPcGtsS+sUhwlYq/23dsECuRGsvJj59OQXXJQ==
Os colchetes criam um grupo de captura e o notepad ++ substitui \ n pelo enésimo grupo de captura.
Alternativamente, para o seu exemplo específico (depende do aspecto das outras linhas), você pode usar um padrão
^(userPassword:).*$
Que simplesmente corresponde a todas as linhas que começam com "userPassword:".