Depende de como o hardware é projetado.
Em geral, se o hardware for projetado de forma que operações potencialmente perigosas (no sentido de que poderiam danificar o próprio hardware) estejam no controle do software, então sim, o software pode causar danos ao hardware. Se, em vez disso, o hardware apresentar ao SO uma interface que evite qualquer operação perigosa ou seja capaz de substituir o controle do software por motivos de segurança, o software não poderá danificá-lo.
Por exemplo, é improvável que uma CPU ou GPU com controle térmico de hardware atinja temperaturas perigosas, pois quando o limite é atingido, ela se desligará, evitando qualquer dano, independentemente do que o software esteja fazendo. Mas se o cpu depender do software (sistema operacional ou mesmo de um aplicativo) para sua segurança, um bug pode causar um superaquecimento excessivo sem que o hardware possa evitá-lo, o que pode causar danos ao cpu.