Suponho que você já tenha resolvido isso, mas a única solução que vi até agora é relaxar as permissões do tomcat-users.xml e torná-lo legível para os outros (suponho que você esteja usando isso apenas para desenvolvimento deve ser bom).
sudo chmod 0664 /usr/share/tomcat/conf/tomcat-users.xml
Outra solução mais complicada seria criar um novo usuário do eclipse e conceder-lhe permissões no arquivo.
Infelizmente, isso ainda está acontecendo para versões mais recentes do Fedora (atualmente 20)