Você precisará criar um tipo de link personalizado (consulte o manual )
Será algo semelhante a (talvez seja necessário ajustá-lo ligeiramente, dependendo de como o aplicativo aceita links):
(org-add-link-type "ifscrm" 'org-ifscrm-open)
(defcustom org-ifscrm-command "/path/to/application")
(defun org-ifscrm-open (path)
(call-process org-ifscrm-command path))
Substituindo /path/to/application
conforme apropriado.