Você precisaria do arquivo .htaccess apropriado nos novos diretórios, indicando que os arquivos wp-login.php nesses arquivos são permitidos .
O Apache verificará o arquivo .htaccess no diretório atual, e, em seguida, "retrocederá" até atingir o DocumentRoot . A diretiva mais relevante será aplicada, portanto, um deny em /home e um allow em /home/user/ permitirá o acesso à instância no diretório do usuário, enquanto negará em qualquer outro lugar em /home .
Não parece possível ter todas as diretivas no mesmo arquivo .htaccess ; Nesse caso, a regra deny parece anular as outras (apenas testadas no Apache 2.2.22).