Isso provavelmente danificará as partições do linux e quaisquer outras partições (então faça o backup em um disco externo destacável), se for algo parecido com o que eu já lidei antes; A boa notícia é que você tem um plano sólido de ataque. No entanto, você também pode querer fazer o backup de seu gerenciador de inicialização (provavelmente GRUB), que é armazenado nos primeiros 446 bytes da unidade:
dd of=/backup/bootloader.mbr if=/dev/sda bs=446 count=1
E restaure depois de substituir as partições
dd of=/dev/sda if=/backup/bootloader.mbr
Como alternativa, acho que você pode usar um live CD para inicializar a partição linux e, em seguida,
sudo update-grub
para reescrever o gerenciador de inicialização.