Assumindo que seu objetivo é apagar dados com segurança do disco, o utilitário "wipe" que você pode obter do repositório permite limpar arquivos, partições ou discos inteiros com segurança. Se por "seção não usada" você quer dizer espaço não utilizado, e você quer preservar as partições existentes, então você deve primeiro criar uma partição no espaço livre, e depois limpá-la com:
wipe -kD partition_dev_name
Para mais detalhes sobre como limpar a página man: link