Eu não acho que esse comportamento possa ser modificado e, francamente, não sei por que isso é um problema. Eu também prefiro clicar duas vezes para iniciar em todos os lugares, mas dificilmente uso o Painel de Controle diretamente para ser incomodado por isso. Eu acho muito mais simples digitar algumas palavras no menu Iniciar e iniciar o applet escolhido diretamente.
De qualquer forma, uma solução possível seria usar um atalho de Todas as tarefas , que permitirá que você clique duas vezes para iniciar os applets, da maneira que preferir.