Bem, o artigo que você cita tem um ou dois fatos sensatos, como questionar o que acontece se você quiser publicar na web (dica: se você tiver um documento complexo - NÃO o publique como um simples arquivo HTML! ). No entanto, muito do que é dito é acidental e facilmente contornado, assumindo que você realmente precisa de um formato de documento tão complexo (o que você provavelmente faz).
Minha recomendação seria usar os estilos de cabeçalho internos para o principal volume de cabeçalhos (os capítulos em seu exemplo). Em seguida, ter estilos de título adicionais para as coisas não-padrão, como os apêndices e cabeçalhos do prefácio. Configure-os como você fez, como nível 1 (ou qualquer outro nível que você precise). É exatamente assim que eu faço.
Uma ressalva embora. Eu tenho, em muitas ocasiões, acabado com grandes e complexos documentos do Word corrompidos em muitas versões diferentes do Word. Tanto é assim que, sempre que começo a trabalhar em um documento realmente complexo (especialmente se receber edições de vários autores), adiciono algumas macro ao meu normal.dot que substituem a função padrão de salvar e a substituem por uma que mantém automaticamente várias versões de o documento. Isso é feito fazendo uma cópia do arquivo OLD antes de salvar a atualização. Isso é muito eficaz e não requer ferramentas complexas de gerenciamento de documentos.