Pergunta interessante. A resposta curta é que isso poderia ser possível. As duas formas de registrar sua localização são pelo seu endereço IP ou por leituras de GPS do telefone.
Se eles estiverem registrando seu endereço IP, há poucas chances de rastreá-lo. Seu provedor de rede altera o endereço IP do telefone o tempo todo, por isso seria difícil perceber algo fora do comum. Eu suponho que é possível o IP que a rede telefônica lhe dá é baseado na localização e que a empresa realmente localiza os IPs, mas isso é um pouco exagerado.
A alternativa é que eles estão acessando leituras de GPS do telefone. Neste caso, seria muito simples para a empresa ver onde você está. No entanto, é extremamente improvável que o seu empregador vá a este comprimento para rastrear você.
Portanto, embora seja possível, há uma boa chance de que eles nunca saibam ... eles esperam que seus funcionários sejam confiáveis