Depende se você quer uma GUI GTK ou não. Qualquer um funcionará, mas o GTK precisará das bibliotecas GTK que você pode não querer (mas provavelmente o fazem).
Então, basicamente, se você está executando um sistema LXDE mínimo e não quer nenhum inchaço, use o não GTK. Se você quer que as coisas fiquem mais bonitas, use o GTK.