Dado que você ativou métodos de entrada diferentes para janelas diferentes, deve ser suficiente substituir o comando setxkbmap em ~/.bashrc por:
gsettings set org.gnome.desktop.input-sources current 0
Por favor, note que o número é o número de ordem das fontes de entrada que você adicionou, e o 0 (zero) é apenas um exemplo que pressupõe que Inglês (EUA) é a primeira entrada item de origem. Mude para 1 se inglês (EUA) for o segundo, etc.