Se você já mudou o caps lock para controle, adicioná-lo ao private.xml no KeyRemap4MacBook fazer o controle de retenção (ou caps lock) alternar caps lock:
<autogen>--HoldingKeyToKey-- KeyCode::CONTROL_L, KeyCode::CONTROL_L, KeyCode::VK_NONE, KeyCode::CAPSLOCK, Option::NOREPEAT</autogen>
O limite para manter teclas é de 0,2 s por padrão, mas pode ser alterado na segunda guia.
(Eu sugeri mudar fn + control (fn + caps lock) para caps lock no pergunta anterior em Pergunte Diferente :)
<autogen>--KeyToKey-- KeyCode::CONTROL_L, ModifierFlag::FN, KeyCode::CAPSLOCK</autogen>
Se você quiser apenas manter algumas teclas como caps lock, você também pode alterar o controle para caps lock em System Preferences.