Window > Preferences > Java > Editor > Templates
, como você sabe.
Existe a lista de modelos, padrões fornecidos pelo Eclipse e os seus.
Na parte inferior da caixa de diálogo, no Eclipse Juno (4.2), vejo uma caixa de seleção Use code formatter
.
Ao desmarcá-lo, ele desativa o formato automático no momento da inserção.
Infelizmente, é uma configuração global, aplicada a todos os modelos ... Mas, bem, é o que você procura, de qualquer maneira.
[EDIT] Eu vejo a mesma caixa de seleção no Indigo (3.7).